因为在
凝胶色谱柱分析中凝胶与溶质分子之间原则上不会发生任何作用，因此在一次分离后用流动相稍加平衡就可以运行下一次的色谱操作。但在实际应用中常有一定的污染物污染凝胶。对已沉积于凝胶床表面的不溶物可把表层凝胶曲调，在适当增补一些新的溶涨胶，并运行重新平衡处理；如果整个柱有微量污染，可用0.5molNaCl溶液洗脱。在通常情况下，一根凝胶柱可使用半年之久。
凝胶色谱柱若经多次使用后，其色泽改变，流速降低，表面有污渍等就要对凝胶运行再生处理。凝胶的再生是指用恰当的方法除去凝胶中的污染物，使其恢复其原来的性质。交联葡萄糖凝胶厂用温热的0.5mol/L氢氧化钠和0.5mol/L的氯化钠和混合液浸泡，用水冲洗到中性；而对于聚丙烯酰胺和琼脂糖凝胶由于遇酸碱不稳定，则常用盐溶液浸泡，然后用水冲到中性。
凝胶色谱柱存储
经常使用的凝胶以湿态保存为主，为了避免凝胶床染菌，可加少许氯仿、苯酚或硝基苯等化学物质，它可以使色谱柱放置几个月至一年。凝胶的干燥应先对凝胶运行浮选，除去细小的颗粒，并用大量水洗，除去盐和污染物，然后逐步增加一春浓度使凝胶收缩，在60~80度干燥，在整个操作过程中的蒸馏水、器皿和房间必须干净。琼脂糖凝胶的干燥操作比较麻烦，并且干燥后还不容易溶张，所以一般仍以湿态保存为主。
PW系列凝胶色谱柱的填料是亲水而刚性，多孔球型，化学和机械性能都非常优异的聚合物。适用于以凝胶色谱的模式碳硫分析仪分离蛋白质、多肽、多糖、寡糖、DNA、RNA、水溶性的有机聚合物和其他水溶性大分子样本等。PW系列色谱柱的PH适用范围为2－12，可使用含有50%的混合有机溶剂为流动相，使用温度可达80℃（TSK-gel G-DNA-PW为50℃）。尽管大多数的PW填料呈微弱的负电性（约5~8μ eq/mL），但是对于碳硫分析仪分离非离子、阴离子和大多数的阳离子型样本没有任何影响。因为PW填料具有非常宽的分离范围，更加线性的校正曲线以及比SW色谱柱更加低得多的吸附特性，所PW色谱柱经常用于分离水溶性的合成聚合物。
相对而言，SW色谱柱适合于碳硫分析仪分离单分散性的陶粒滤料大分子，如蛋白等，而PW色谱柱则更加适合于如多糖和合成聚合物等多分散性样本的碳硫分析仪分离。
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