凝胶色谱柱其充填介质化学稳定性好，不易发生由于官能基脱落而导致样品组分洗脱位置变化的现象。尽管如此，由于柱子的反复使用，在长时间使用后，样品组分的洗脱情况还是会发生改变的。其原因与样品中极微量的附吸物在柱中的蓄积有关。特别由于生物样品组分复杂，这种吸附现象时有发生。（非特异性吸附）当观察到这样的现象后，应使用合适的溶剂将蓄积的吸附物质去除，以恢复柱子的性能。
凝胶色谱柱的储存方法：
1.将凝胶柱用蒸馏水冲净后充上0.02%-0.05%的叠氮钠水溶液封存,或三氯丁醇(0.015%) 苯基汞代盐(0.001-0.01%)将色谱柱封闭后低温保存(温度在5℃左右)在冰箱。
2.再次使用时,用蒸馏水将保护溶液冲洗掉即可使用。
3.如果第二天还要使用也要从系统中取下，将柱封闭后存于4~8度的冰箱中冷藏。
经常使用的凝胶以湿态保存为主，为了避免凝胶床染菌，可加少许氯防、苯酚或硝基苯等化学物质，它可以使色谱柱放置几个月至一年。凝胶的干燥应先对凝胶运行浮选，除去细小的颗粒，并用大量水洗，除去盐和污染物，然后逐步增加一春浓度使凝胶收缩，在60~80度干燥，在整个操作过程中的蒸馏水、器皿和房间必须干净。琼脂糖凝胶的干燥操作比较麻烦，并且干燥后还不容易溶张，所以一般仍以湿态保存为主。
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