凝胶渗透色谱仪不但可以用于分离测定高聚物的相对分子质量和相对分子质量分布，同时根据所用凝胶填料不同，可分离脂溶性和水溶性物质，分离相对分子质量的范围从几百万到100以下。近年来，凝胶色谱也广泛用于小分子化合物。相对分子质量相近而化学结构不同的物质，不可能通过凝胶渗透色谱法达到*分离纯化的目的。凝胶色谱不能分辨分子大小相近的化合物，相对分子质量相差需在10%以上才能得到分离。
凝胶渗透色谱仪分离主要机理包括: 体积排除理论，扩散理论，流体力学理论常用的原理是体积排除理论：让被测量的高聚物溶液通过一根内装不同孔径的色谱柱，柱中可供分子通行的路径有粒子间的间隙（较大）和粒子内的通孔（较小）。当聚合物溶液流经色谱柱时，较大的分子被排除在粒子的小孔之外，只能从粒子间的间隙通过，速率较快；而较小的分子可以进入粒子中的小孔，通过的速率要慢得多。经过一定长度的色谱柱，分子根据相对分子质量被分开，相对分子质量大的在前面（即淋洗时间短），相对分子质量小的在后面（即淋洗时间长）。自试样进柱到被淋洗出来，所接受到的淋出液总体积称为该试样的淋出体积。
凝胶渗透色谱仪是利用聚合物溶液通过由特种多孔性填料组成的柱子，在柱子上按照分子大小进行分离的方法，是一种新型的液相色谱。主要特点是操作简便、测定周期短、数据可靠、重现性好，是一种快速的分子量与分子量分布的测定方法。本仪器采用起纸脉冲泵，适用于高度的分子量和分子量分布的测定。并运用计算机技术，能自动计算结果。并能将标准工作曲线、溶出曲线、微分、积分、分子量分布曲线重叠绘图，打印报告，十分快捷方便。
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