C4反相色谱柱在经过出厂测试后是保存在乙腈-水中的；由于色谱柱在储存或运输过程中固定相可能会干掉，这会引起键合相的空间结构发生变化。因此，新的色谱柱在用来分析样品之前，请一定要充分平衡色谱柱。
C4反相色谱柱的平衡方法是：以纯乙腈或甲醇作流动相，首先用低流速0.2ml/min将色谱柱平衡过夜（请注意断开检测器！），然后，将流速增加到0.8mL/min冲洗30min以便将色谱柱的填料充分平衡至*状态。平衡过程中，将流速缓慢地提高直到获得稳定的基线，这样可以保证色谱柱的使用寿命，并且保证在以后的使用中，获得分析结果的重现性。请一定确保所使用的流动相和乙腈-水互溶。如果您所使用的流动相中含有缓冲盐，应注意首先用20倍柱体积的5%的乙腈-水流动相“过渡”，然后使用分析样品的流动相直至得到稳定的基线。
对于正相色谱柱来讲，硅胶柱或极性色谱柱需要更长的时间来平衡。这些色谱柱在出厂测试后是保存在正庚烷中的，如果极性色谱柱需要使用含水的流动相，请在使用流动相之前用乙醇或异丙醇平衡。C4反相色谱柱当使用乙醇、异丙醇、乙酸等粘度大的流动相时，色谱柱的平衡时间要延长，甚至要加倍。
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